از بدو تاسیس انستیتو پاستور ایران در سال 1299، فعالیت های علمی در زمینه میکروب شناسی به عنوان محور اصلی برنامه های این انستیتو مد نظر موسسین این مرکز قرار داشت تا این که در سال 1332 بخش باکتری شناسی به عنوان یک بخش مجزا آغاز به کار نمود و در حقیقت یکی از قدیمی ترین بخش های این انستیتو به شمار می رود. در حال حاضر بخش باکتری شناسی انستیتو پاستور ایران یکی از مهمترین بازوهای اجرایی این انستیتو در نظام سلامت کشور محسوب می گردد و نقش غیرقابل انکاری در پیشبرد اهداف اجرایی و پژوهشی وزارت بهداشت و درمان ایفا می کند.

این بخش در زمینه های پژوهشی، آموزشی و تشخیصی فعالیت داشته و از معتبرترین و مهمترین مراکز آموزش باکتری شناسی پزشکی در سطح کشور محسوب می گردد که تا به امروز دهها نیروی متخصص و زبده باکتری شناسی پزشکی از این مرکز فارغ التحصیل گردیده اند. بخش باکتری شناسی انستیتو پاستور ایران شامل چندین آزمایشگاه تخصصی از جمله آزمایشگاههای تشخیص مولکولی سیاه زخم و لپتوسپیروز، بوتولیسم، آب و غذا، باکتریهای بی هوازی، مرجع کشوری سیاه سرفه و دیفتری و ژنتیک باکتریایی می باشد که همگی از فعال ترین آزمایشگاه های تخصصی باکتری شناسی ایران می باشند. در آزمایشگاه تشخیص مولکولی لپتوسپیروز، علاوه بر فعالیت های تشخیصی، هدایت شبکه تشخیصی این بیماری در کشور نیز به انجام می رسد.

مهمترین اهداف و فعالیتهای این بخش عبارتند از:

·        انجام آزمایشات تخصصی در زمینه تشخیص بیماریهای عفونی

·        آزمایشات تخصصی در زمینه بررسی کیفیت آبهای سطحی و زیرزمینی در مناطق مختلف کشور

·        همکاری با مرکز مدیریت بیماری های واگیر وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی

·        آزمایشگاه مرجع کشوری بوتولیسم، سیاه سرفه و دیفتری، سیاه زخم و لپتوسپیروز

·        تعیین و تدوین شاخص ها و استاندارد های تشخیصی در زمینه بیماریهای بوتولیسم، سیاه سرفه، دیفتری و آلودگی های میکروبی آب

·        آموزش نیروهای مجرب در زمینه باکتری شناسی پزشکی از طریق آموزش سالانه دهها کارآموز 

·        برگزاری منظم کارگاه های آموزشی در زمینه بیماریهای عفونی بالاخص سیاه سرفه و دیفتری و تکنیکهای نوین آزمایشگاهی

·        سازماندهی و سرپرستی پایان نامه های دانشجویی در مقاطع کارشناسی ارشد و دکترای تخصصی

·        ارائه و پشتیبانی از طرحهای تحقیقاتی در زمینه باکتری شناسی پزشکی، بیولوژی مولکولی و مقاومت های آنتی میکروبی در سطح کشوری و منطقه ای

·        کلکسیون میکروبی ایران

·        تبادل تجربیات فنی و تخصصی در زمینه بیماریهای عفونی با سایر مراکز تحقیقات میکروبی

·        ارتقا سطح آگاهی عمومی در پیشگیری و کنترل بیماریهای عفونی

در زمینه فعالیتهای علمی پژوهشی، بخش باکتری شناسی انستیتو پاستور ایران با ارائه مقالات علمی معتبر و تالیف چندین عنوان کتاب تخصصی باکتری شناسی و حضور مستمر و فعال در کنگره ها و همایش های داخلی و خارجی نقش بسزایی در تولید علم در کشور ایفا کرده و از معتبرترین مراکز باکتری شناسی کشور محسوب می گردد.

از گذشته بخش باکتری شناسی انستیتو پاستور ایران در زمینه تشخیص عفونتهای باکتریایی که به صورت معمول در سایر مراکز قابل تشخیص نمی باشند از جمله سیاه زخم، تولارمی، بوتولیسم، دیفتری، سیاه سرفه و بروسلوز فعال بوده و از سال 1383، این بخش، آزمایشگاه مرجع سیاه سرفه و دیفتری محسوب می گردد و نمونه های بالینی جمع آوری شده از سطح کل کشور به این بخش منتقل شده و فعالیت های تشخیصی و آماری دقیقی بر روی آنها انجام می گیرد. سازماندهی منظم فعالیتها و برنامه ریزی های کوتاه مدت و بلند مدت صورت گرفته در این مرکز جهت ریشه کنی این بیماریها در طی سالهای اخیر نقش بسزایی را در کاهش آمار ابتلا به این عفونتها در سطح کل کشور داشته است. این بخش همچنین آزمایشگاه مرجع بوتولیسم در کشور محسوب شده و در زمینه تشخیص انواع بوتولیسم و نظارت بر فعالیت های تحقیقاتی و آزمایشگاهی در زمینه این بیماری فعالیت مستمر و گسترده ای دارد.

در حال حاضر بخش باکتری شناسی انستیتو پاستور ایران با 4 عضوهیات علمی و 10 پرسنل در حال فعالیت است.